水轮发电机超过负荷运行的危害主要包括设备过热、缩短寿命、安全事故、能耗增加、影响发电效率、降低稳定运行、给电力系统带来安全隐患等方面。这些危害不仅会影响发电机设备本身，还会对电力供应系统和稳定性造成重大影响。因此，严禁超负荷运行，确保设备安全、稳定运行是十分必要的。

水轮发电机超过负荷运行会导致设备过热，缩短设备寿命，严重时甚至会引发设备损坏或火灾等安全事故。此外，超负荷运行还会增加能耗，降低发电效率，影响发电机的稳定运行。长期超负荷运行还会给电力系统带来安全隐患，导致线路跳闸、停电等问题，严重影响电力供应的稳定性。